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Tipo do documento: Tese
Title: Estudo da microbiota bacteriana endofítica de cana-deaçúcar por métodos independentes de cultivo: diversidade, perfil taxonômico e predição de funções de interesse biotecnológico
Other Titles: Study of endophytic bacterial microbiota of sugarcane by cultivation-independent methods: diversity, taxonomic profile and prediction of biotechnological interest functions
Authors: Santos, Carlos Magno dos
Orientador(a): Schwab, Stefan
Primeiro coorientador: Baldani, José Ivo
Primeiro membro da banca: Coelho, Irene da Silva
Segundo membro da banca: Rouws, Luc Felicianus Marie
Terceiro membro da banca: Lima, Marcelo de Freitas
Quarto membro da banca: Videira, Sandy Sampaio
Keywords: Enriquecimento celular;Independente de cultivo;Líquido do apoplasto;Colmo;Sphingomonas;Cell Enrichment;Culture-independent;Stem apoplast sap
Área(s) do CNPq: Bioquímica
Idioma: por
Issue Date: 28-Feb-2018
Publisher: Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro
Sigla da instituição: UFRRJ
Departamento: Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação
Programa: Programa de Pós-Graduação em Ciência, Tecnologia e Inovação em Agropecuária
Citation: SANTOS, Carlos Magno dos. Estudo da microbiota bacteriana endofítica de cana-deaçúcar por métodos independentes de cultivo: diversidade, perfil taxonômico e predição de funções de interesse biotecnológico. 2018. 131 f. Tese (Doutorando em Ciência, Tecnologia e Inovação em Agropecuária) - Pró-reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Seropédica - RJ, 2018.
Abstract: A comunidade bacteriana endofítica é descrita como aquela capaz de colonizar os tecidos internos das plantas sem causar aparente prejuízo, proporcionando a seus hospedeiros benefícios para o seu desenvolvimento e proteção contra patógenos. Alguns desses mecanismos permanecem pouco compreendidos, principalmente devido ao baixo número de células bacterianas endofíticas em comparação com a planta e dificuldades em acessar o conteúdo genético dessa comunidade. Na cana-de-açúcar os estudos sobre esta comunidade foram focados principalmente na identificação de microrganismos diazotróficos. De uma forma geral, trabalhos que visaram descrever esta comunidade foram baseados em metodologias que utilizavam o isolamento dos microrganismos por cultivo. Hoje é sabido que, devido à baixa profundidade e cobertura desta metodologia, pode limitar o acesso a estes microrganismos. A introdução de abordagens independentes de cultivos tem permitido uma análise mais ampla desta comunidade e contribuindo para a compreenção do papel ecológico destes microrganismos na endosfera de seus hospedeiros. O presente trabalho utilizou duas abordagens independentes de cultivo para acessar a comunidade bacteriana na cana-de-açúcar. A primeira foi desenvolvida uma metodologia de enriquecimento das células bacterianas endofíticas a partir dos tecidos de colmo de cana-de-açúcar. Esta abordagem foi baseada em um método de enriquecimento físico e não direcionado, que ajudou a contornar o alto nível de interferentes, como polissacarídeos, compostos fenólicos, nucleases e fibras. A segunda abordagem envolveu o uso do líquido do apoplasto de colmo da cana-de-açúcar. Este nicho tem sido descrito como o principal sítio de colonização pelos endófitos. A comunidade encontrada é rica e diversa, sendo formada por gêneros pertencentes ao grupo das Proteobacterias. Uma das principais Unidades Taxonômicas Operacionais (OTUs) observadas nas análises foram classificadas como sendo do gênero Sphingomonas. A diversidade deste gênero em cana-de-açúcar também foi avaliada neste estudo, e possivelmente há a presença de novas espécies. Foi possível detectar também a presença de bactérias promotoras de crescimento vegetal, diazotróficas e patógenos-antagonistas. Por meio de uma análise preditiva dos possíveis genes relacionados as principais OTUs detectadas foi possível encontrar genes de interesse biotecnológico, aplicáveis em diversas áreas, sendo os principais envolvidos à biorremediação e o melhoramento do cultivo vegetal. Dessa forma, o presente estudo traz informações relevantes ao entendimento da comunidade bacteriana endofítica de cana-de-açúcar e suas funções.
Abstract: The endophytic bacterial community is described as the one able to colonize the internal tissues of the plants without causing apparent prejudice, providing for their hosts development benefits and protection against pathogens. Some of these mechanisms remain little understood, mainly due to the low number of endophytic bacterial cells compared to the plant, and difficulties in accessing the genetic content of that community. On sugarcane, studies about this community were focused mainly on the identification of diazotrophs microorganisms. Generally, works that sought to describe this community were based on methodologies that used the isolation of microorganisms for cultivation. Today it is known that, due to the low depth and coverage of this methodology, can limit the access to these microorganisms. The introduction of culture-independent approaches has allowed a broader analysis of this community and contributing to the understanding of the ecological role of these microorganisms in endosphere of their hosts. The present study used two culture-independent approaches to access the bacterial community on sugarcane. The first was developed a methodology for enrichment of endophytic bacterial cells from the stem tissue of sugarcane. This approach was based on a method of physical enrichment and not biased, that helped surpassing the high level of interfering, as polysaccharides, phenolic compounds, nucleases and fibres. The second approach involved the use of apoplast sap from sugarcane stems. This niche has been described as the main site of colonization by endophytes. The found community is rich and diverse, formed by genera belonging to the Proteobacterias group. One of the main Operational Taxonomic Units (OTUs) observed in the analyses were classified as being of the Sphingomonas genus. The diversity of this genus in sugarcane was also evaluated in this study, and possibly, there are new species present. It was also possible to detect the presence of plant growth promoting bacteria, diazotrophic and pathogens-antagonists. Through predictive analysis of possible genes related to the main OTUs detected, was possible find genes of biotechnological interest, applicable in various areas, the main ones being involved to bioremediation and the improvement of plant cultivation. Thus, this study provides information relevant for understanding the endophytic bacterial community of sugarcane and its functions.
URI: https://rima.ufrrj.br/jspui/handle/20.500.14407/9846
Appears in Collections:Doutorado em Ciência, Tecnologia e Inovação em Agropecuária

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